Το Τμήμα Διαχείρισης Προγραμμάτων και Συνεδριών αποτελεί κρίσιμο κομμάτι της Εταιρείας. Παρέχει υποστήριξη στη διαδικασία έγκρισης και αναμόρφωσης του προϋπολογισμού του προγράμματος, διασφαλίζοντας τη διοικητική και οικονομική του υποστήριξη. Στηρίζει τα μέλη ΔΕΠ στην υποβολή προτάσεων προγραμμάτων και παρακολουθεί την υλοποίηση των προγραμμάτων, εξασφαλίζοντας την τήρηση των υποχρεώσεων. Επίσης, αναλαμβάνει την οικονομική διαχείριση συνεδρίων, ημερίδων, workshops και διαλέξεων, εξασφαλίζοντας την ομαλή διεξαγωγή και την αποτελεσματική διαχείριση των σχετικών δραστηριοτήτων.
Το Γραφείο Διαχείρισης Κληροδοτημάτων διαχειρίζεται τα Κληροδοτήματα του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων ως κεφάλαια αυτοτελούς διαχείρισης, σύμφωνα με τη βούληση του διαθέτη και την κείμενη νομοθεσία.