Το Τμήμα Προϋπολογισμού, Λογιστηρίου και Ταμείου αναλαμβάνει βασικές λειτουργίες για την οικονομική διαχείριση της Εταιρείας. Περιλαμβάνει τη σύνταξη προϋπολογισμού, απολογισμού και ισολογισμού, την υποχρεωτική δήλωση φορολογικών υποθέσεων, και την τήρηση μητρώου δεσμεύσεων. Επίσης, υλοποιεί το πρόγραμμα ΔΙΑΥΓΕΙΑ για διαφάνεια στις διοικητικές διαδικασίες. Παρακολουθεί τραπεζικούς λογαριασμούς, διαχειρίζεται τη μισθοδοσία και αποδόσεις προς ΔΟΥ και ασφαλιστικά ταμεία. Εκδίδει χρηματικά εντάλματα πληρωμής και διαχειρίζεται πληρωμές. Τέλος, εκδίδει αποδείξεις είσπραξης και τιμολόγια, εξασφαλίζοντας ομαλή οικονομική λειτουργία της Εταιρείας.