Η Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου αποτελεί ανεξάρτητη υπηρεσία σε επίπεδο Τμήματος και αναφέρεται απευθείας στο Διοικητικό Συμβούλιο και τον Πρόεδρο της Εταιρείας.
Η Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου εποπτεύει και ελέγχει τη λειτουργία των Διευθύνσεων, των Τμημάτων και των Γραφείων που απαρτίζουν τις υπηρεσίες της Εταιρείας.
Στελεχώνεται με υπαλλήλους μετά από απόφαση της Γενικής Συνέλευσης της Εταιρείας.
Ο έλεγχος αποσκοπεί στον εντοπισμό των δημοσιονομικών κινδύνων και στη θέσπιση κατάλληλων ασφαλιστικών δικλίδων για την αντιμετώπιση και αποτροπή κινδύνων: α. υπεξαίρεσης, β. απιστίας, γ. μη απόδοσης φόρων και εισφορών κοινωνικόασφαλιστικών φορέων, δ. μη νόμιμη διαδικασία προμηθειών, ε. μη σύννομη εκταμίευση.
Η διενέργεια των ελέγχων πραγματοποιείται σύμφωνα με το πρότυπο του Εγχειριδίου του Ελεγκτικού Συνεδρίου.