Το Μουσείο Εκμαγείων ιδρύθηκε με το ΠΔ 89/3.2.1977 και ανήκει στον Τομέα Αρχαιολογίας του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής. Στεγάζεται στο Κτίριο της Φιλοσοφικής Σχολής και η Συλλογή του περιλαμβάνει τόσο πρωτότυπα αρχαιολογικά αντικείμενα, αντιπροσωπευτικά των κατηγοριών της κεραμικής και της μικροτεχνίας, όσο και ακριβή αντίγραφα γλυπτών της αρχαϊκής, κλασικής και ελληνιστικής εποχής από το Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο, από το Μουσείο Ακροπόλεως και το Μουσείο του Κεραμικού της Αθήνας.